Történelmüket pozitív és negatív időszakok váltakozása jellemzi, ugyanis a jólét, a kulturális közvetítő szerep, a külföldre irányuló gyümölcsöző gazdasági kapcsolatok és a magas társadalmi pozíciók elérése mellett volt, hogy üldöztetéssel, gyűlöletpropagandával és kitelepítéssel kellett szembenézniük.

A mezopotámiai zsidó közösség gyökerei a babiloni száműzetés időszakáig nyúlnak vissza, ami az i. e. 6. században következett be, amikor a babilóniaiak meghódították a Júdai Királyságot és jelentős számú zsidó polgárt hurcoltak el Mezopotámia déli részére (a mai Irak területére). Ezen deportációs politika már az Újasszír Birodalom (i. e. 911. – i. e. 612.) idején is jelen volt, amikor a meghódított városokat sok esetben lerombolták, majd újjáépítették, és ezekbe a birodalom más területein meghódított népeket telepítettek.

A száműzetés időszakában Babilon a zsidó tanulás és tudományosság jelentős központjává vált. Az évszázadok során a mezopotámiai zsidó közösség virágzott, és egyedi kulturális identitásuk alakult ki. A babilóniaiakat követő párthusok uralma alatt a zsidók viszonylagos autonómiát élveztek, és részt vettek a kereskedelemben, a mezőgazdaságban és a szellemi tevékenységekben. A Szászánida Birodalom felemelkedése az i.sz. 3. században azonban fordulópontot jelentett a mezopotámiai zsidók számára. A szászánidák korlátozó politikát vezettek be a nem zoroasztriánus közösségekkel, köztük a zsidókkal szemben, ami társadalmi és gazdasági helyzetük hanyatlásához vezetett. 

A mai Irak területének muszlimok általi meghódítása a 7. században jelentős változásokat hozott a területen élő más vallású közösségek életében. Kezdetben a zsidók, valamint a keresztények és más vallási kisebbségek szabadon gyakorolhatták hitüket az iszlám uralom alatt. Az Abbászidák korszaka (i. e. 8-13. század) a zsidó kultúra és tudományosság reneszánszának volt tanúja, Bagdad pedig a zsidó stúdiumok központjává vált. Az olyan zsidó tudósok, mint például Szaadja Gaon, jelentős mértékben hozzájárultak a zsidó filozófia, teológia és jog fejlődéséhez ebben a korszakban. 

Ami a 13. századi mongol inváziót illeti, kijelenthetjük, hogy Bagdad lerohanása során a mongolok dühe a muszlimokat érintette leginkább. Ezt jól mutatja az a tény is, hogy lerombolták a legfontosabb mecseteket és muzulmán vallási helyeket. A források szerint a kisebbségek java része elkerülte a megszállók öldöklését, mivel a mongolok új területek megtámadásakor igyekeztek megnyerni a kisebbségben lévő, sok esetben elnyomott társadalmi csoportokat. E cselekedetük révén szövetségesekre leltek a számukra idegen földön, valamint fel tudták őket használni a birodalmi adminisztrációjuk működtetéséhez.

Az Oszmán Birodalom 16. századi mezopotámiai uralma alatt (1534–1917) a zsidók élete virágzásnak indult. Vallási szabadságjogokat kaptak, lehetővé téve számukra, hogy közösségükön belül rendelkezhessenek saját ügyeik felett. Azonban fontos megemlíteni, hogy a zsidókkal szembeni tolerancia sok esetben az éppen aktuális helyi uralkodótól is függött. Ettől függetlenül dzimmi státuszt kaptak, ami azt jelentette, hogy adófizetés fejében védelemben részesültek, és hitüket szabadon gyakorolhatták. Noha ebben az értelemben másodosztályú állampolgároknak is tekinthetők, de mint „a könyv népei” bizonyos jogok megillették őket. „A könyv népei” (arabul: ahl al-kitáb) elnevezés azokra a vallásokra utal, amelyekre a muszlimok úgy tekintenek, mint kinyilatkoztatott vallások. A Koránban a zsidókkal, a keresztényekkel, a szábeus-mandeusokkal és – egyes értelmezések szerint – a zoroasztriánusokkal azonosítják őket. Visszatérve az oszmánok időszakára, kiemelendő, hogy az Oszmán Birodalom biztonságos menedéket jelentett az európai üldözés elől menekülő ibériai zsidóknak is, akik jelentősen kivették részüket a birodalom gazdasági fejlődéséből.

A 20. század jelentős változást hozott az iraki zsidók helyzetében. Az Oszmán Birodalom összeomlását és a brit uralom térnyerését követően ez utóbbiak előszeretettel alkalmazták a kisebbségeket (például zsidókat és keresztényeket) adminisztrációjuk kiépítésekor, valamint vállalkozásaikban, ami komoly ellenérzést váltott ki a muszlim lakosság körében. Az iraki zsidók helyzetének romlásához továbbá az is hozzájárult, hogy a nacionalista érzelmek hulláma söpört végig a közel-keleti országon, és az arab nacionalizmus és az anticionizmus elterjedésével a zsidó és az arab közösségek közötti feszültségek tovább növekedtek. A náci Németország felemelkedése és az antiszemita propaganda terjesztése tovább szította az iraki zsidókkal szembeni ellenségeskedést. A szélsőséges nézetek gyors iraki terjedése nem kis részben a palesztin arab nacionalista és muzulmán vezető, Haddzs Amín al-Huszajní tevékenységének is betudható. Al-Huszajní Jeruzsálem nagymuftija volt, és anticionista, zsidó- és brit-ellenes nézeteiről volt ismert. Az iraki zsidók helyzete gyorsan romlott az 1940-es évek elején, zsarolásokra és olykor gyilkosságokra is sor került. Az 1941-es Bagdadban bekövetkezett népirtás (Farhúd) is Haddzs Amín al-Huszajní köréhez köthető.  A pogromot egyértelműen az arabok és a zsidók között Palesztinában zajló konfliktus által kiváltott erőszakos zsidóellenes érzelmek táplálták. Ez az esemény több száz zsidó halálát és vagyonuk egy részének megsemmisítését eredményezte, és fordulópontot jelentett az iraki zsidók történetében, mivel tömeges kivándorlást indított el.

A következő években diszkriminatív törvényeket hoztak, a zsidókat elbocsátották a kormányzati pozíciókból, vagyonukat pedig elkobozták. Izrael Állam 1948-as megalakulása felerősítette az iraki zsidók üldözését, sok esetben még a szabad mozgásukat is korlátozták. Az 1950-1951-es Ezra és Nehémiás hadművelet során légi úton több tízezer iraki zsidót vittek ki az arab országból, és Iránon, valamint Cipruson keresztül Izraelbe szállították őket. (A hadművelet Ezraról és Nehémiásról kapta a nevét, akik a babilóniai száműzetésből vezették vissza a zsidó népet Izraelbe.) A művelet 4 millió dolláros költségének nagy részét az American Jewish Joint Distribution Committee finanszírozta. Az iraki zsidók többsége, megközelítőleg 130 ezer ember elhagyta ősi hazáját, biztonságot és új kezdetet keresve.

Az 1970-es évek végére már csak kis számú zsidó populáció maradt Irakban. Szaddám Huszein rezsimjének felemelkedése tovább marginalizálta és üldözte ezt a közösséget. A zsidó intézményeket bezárták, a megmaradt zsidókat pedig folyamatos megfigyelésnek és zaklatásnak tették ki. Csak a 2000-es évek elején, az Egyesült Államok vezette iraki inváziót követően hagyták el az iraki zsidó közösség utolsó maradványai az országot. A megmaradt iraki zsidók távozása a több évezredes jelenlétük végét jelentette a régióban. Ma az egykor élénk közösség elsősorban diaszpórában él. Iraki zsidók és leszármazottaik a világ különböző részein telepedtek le, jelentős lakossággal Izraelben, az Egyesült Államokban és Európában. A szétszórtság ellenére sikerült megőrizniük kulturális örökségüket, hagyományaikat és vallási gyakorlatukat.