Bár az elnöki pozíciót küzdelmes úton szerezte meg Đukanović az 1997-es választások során, a DPS számára a következő év tavaszán, a parlamenti választások jelentették a nagy kihívást. A DPS-szel szemben ekkor mérette meg először magát a Bulatović által újonnan létrehozott csoportosulás az SNP. A párt önmagát szociáldemokrataként határozta meg, valamint új elemként jelent meg az Európa-pártiság, amely Bulatović korábbi politikai karrierjének ismeretében akár furcsán is hathat. Ugyanakkor a délszláv háború eszkalálódásának következtében már Bulatović számára is tarthatatlanná vált Milošević barátsága. A 1998-as választásokra összeállt DPS vezette koalíciós pártszövetség, a DŽB („Hogy jobban éljünk”) a szavazatok majd 50%-ának megszerzésével 42 helyet szerzett a 78 fős törvényhozásban, így kormányzóképes többségének birtokában Milo Đukanović pártja alakíthatott kormányt, Filip Vujanović vezetésével. Ezzel beállt a DPS teljes uralma, az elnöki szék és a miniszterelnöki is a párt kezében, immáron belső konfliktusok nélkül: egészen 2020-ig.

A kormányzatnak, valamint Montenegrónak a legnagyobb kihívással már az év közepén szembesülnie kellett. A koszovói háború következtében jelentős számú koszovói albán menekült érkezett Montenegró keleti részébe. Az 1998–1999-es menekültválság mértékét jól jelzi, hogy konzervatív becslések szerint nyolcvanezren érkeztek Montenegróba, míg az ország lakossága alig haladta meg ekkor a hatszázezer főt. A menekültválság által az országra rótt gazdasági terheket a társadalmi feszültség csak tovább erősítette, így félő volt, hogy a menekülthullám további növekedése a teljes ország összeomlását hozhatja el. Ezzel párhuzamosan Đukanović és pártja, valamint a kormányzat mindvégig igyekezett kimaradni a konfliktusból, bár Szerbia részéről a nyomás folyamatosan nőtt annak érdekében, hogy Montenegró is részt vegyen a koszovói háborúban. A nyomás fokozódásának egyik kiemelt jele az volt, hogy Montenegró szerte különböző paramilitáris csoportok jelentek meg, többnyire a DPS szimpatizánsaiból, korábbi katonákból, valamint albán és koszovói kisebbségekből összeállva. A legfontosabb erőletéteményesként azonban Podgoricába érkezett az ún. „hetedik zászlóalj”, amely nemcsak számos SNP tagot tudhatott a soraiban, de szoros kapcsolatot ápolt Arkan Tigriseivel is. A Miloševićet támogató alakulat egészen 2001-ig volt jelen Montenegróban, amikor szépen lassan „felszívódott”. 

A 2000 októberi események következtében Milošević bukásával Montenegróban is új politikai helyzet alakult ki, amelyhez Đukanovićnak és pártjának is alkalmazkodnia kellett. Nevezetesen a Milošević-i bukás következtében megszűnt az a kiemelt „fenyegetés”, amelyre a DPS a kommunikációját és politikáját az 1997-es szakítás óta építette. Ugyanakkor a montenegrói belpolitika nem maradt sokáig csendes, ugyanis 2002 során „robbant a bomba”, mely azóta is visszatérő eleme a montenegrói közbeszédnek. 

A cikksorozat első részében már említett cigarettacsempészet vádja ugyanis ekkor került napvilágra, a horvát „Nacional” lap tényfeltáró cikkjén keresztül, amely szerint Milo Đukanović és köre cigarettacsempészetből tartotta fenn az állami költségvetést, valamint elsődlegesen saját vagyonukat. Bár a vádnak következtében számos vizsgálatot folytattak le, valamint parlamenti vizsgálóbizottság is alakult, a „nagyobb jóért” narratíva, elsődlegesen a DPS támogatóiban, valamint a társadalomnak magukat montenegróiként identifikáló részeiben olyan mélyen gyökeret vert, hogy a Đukanović szavazóbázist nem tudta megrengetni ez az esemény. Ugyanakkor ebben az időszakban gyökerezett bele a montenegrói közvéleménybe az a beidegződés, miszerint Bar város kikötője a bűnözők menedéke és fellegvára Montenegróban.

A montenegrói függetlenségi mozgalom, Milo Đukanović vezetésével a 2000-es évek elején vett újabb lendületet, azonban az Európai Unió részéről ekkor még sok esetben viszonylagos távolságtartással fogadták az ezirányú törekvést. Nemcsak azért, mert 2001 őszén fenekestül felfordult a világ, de Brüsszel és az Európai Unió vezetése attól tartott, hogy esetlegesen egy Boszniához, vagy még inkább Koszovóhoz hasonló mintázatot szülhet Montenegró függetlenedési kísérlete. A montenegrói függetlenség így a nemzetközi helyzet, valamint az Unió hozzáállása miatt egy időre lekerült a napirendről, így 2002. március 14-én megszülethetett az a Belgrádi Egyezmény, amely életre hívta Jugoszlávia utolsó letéteményesét: Szerbia és Montenegrót.

2002-t követően egyszerre jelent meg a montenegrói közbeszédben az elégedettség és az elégedetlenség a Đukanović-i kiegyezéssel kapcsolatban, amely a Belgrádi Egyezmény képében jelent meg. Míg egyesek szerint külön öröm volt, hogy „Montenegró”, mint név újra megjelent egy államalakulat elnevezésében, addig az elégedetlenek még inkább a teljes függetlenség mellett álltak ki. Persze a Belgrádi Egyezmény kikötései között szerepelt az is, hogy 3 év múltán az államalakulatot létét felül lehet vizsgálni, amely akár egy referendumot is jelenthetett Montenegró esetében. Đukanović sem tétlenkedett 2002 nyarán, az államfői pozíciót a 2002-es választásokon miniszterelnöki székre cserélte, hogy neki lásson a függetlenségi terv végső megvalósításának, már csak azért is, mert a függetlenség mellett megjelent az azóta is sokat dédelgetett víziója: az európai uniós tagság álma.

A 2006 májusára kiírt függetlenségi népszavazásban Đukanović nagy álma testesült meg. 1992 után második alkalommal kellett a lakosságnak kinyilvánítania az akaratát a független Montenegrót illetően, de ezúttal az eredmény az 1992-es választással szemben nem ígérkezett olyan egyértelműnek. Az előzetes megegyezések szerint az urnához járulók legalább 55 százalékának kellett a függetlenség mellett voksolnia. A Szerbiával való államközösség fenntartása mellett elsődlegesen Bulatović egykori pártja az SNP állt ki, ekkor már Predrag Bulatović vezetésével (aki csak névrokona a nagyformátumú Momir Bulatovićnak), míg a Đukanović vezette függetlenségpártiak az idealizált 1878–1918 között fennálló önálló montenegrói állam történelmi romantizálásával épített kampánnyal próbálták elérni céljaikat. 

A május 21-én megtartott referendumon a választásra jogosultak majd 87 százaléka járult az urnákhoz, ebből 55,5 százalék Montenegró függetlensége mellett tette le voksát. A szavazás másnapján Đukanović az ország történelmi fővárosában, Cetinjében kiáltotta ki az ország függetlenségét. Beszéde során „gratulált Szerbiának a függetlenséghez”, valamint és kijelentette, hogy itt az ideje hozzálátni a montenegrói nyelv és a Montenegrói Ortodox Egyház státuszának a rendezésének. Ugyanakkor 2006 nyarán még nem sejtette senki, hogy az euroatlanti integrációnak csak az egyik eleme fog egy évtizeden belül a láthatárra kerülni. Ez pedig a NATO csatlakozás lesz, amely nemcsak belpolitikai viszontagságokba taszította Montenegrót, de egy puccskísérletet is magával hozott.