1890-ben Tisza Kálmánt gróf Szapáry Gyula követte a miniszterelnöki tisztségben, Szapáry kormánya ugyanakkor 1892-ben megbukott. Ennek oka, hogy a régóta rendezésre váró egyházpolitika kérdésében a miniszterelnök kisebbségbe került a kormányon belül, amely a lemondásához vezetett. Az udvar szinte rögtön megkezdte az új kormány előkészítését, Ferenc József audienciáján részt vett többek között maga Szapáry, Széll Kálmán, Bánffy Dezső és Wekerle Sándor is. A jelenlévők egyetértettek abban, hogy a reformokat keresztül kell vinni, és végül Wekerlét javasolták miniszterelnöknek.
Wekerle Sándor 1848-ban született Móron polgári családba. Jogi végzettségének megszerzését követően pályáját a pénzügyminisztériumban kezdte az 1870-es évek elején, nevéhez fűződik az adórendszer megreformálása és a pénzügyigazgatás megszervezése is. A politikában ugyanakkor egészen 1887-ig nem vett részt. Ebben az évben országgyűlési képviselő és a pénzügyminisztérium államtitkára lett, 1889-ben pedig pénzügyminiszter. Tárcáját Szapáry kormányában is megtartotta, sőt abban az egyik legfontosabb minisztere lett. Első kormányfői ciklusa 1892-től 1895-ig tartott.
Miniszterelnöksége szempontjából kulcsfontosságúak liberális nézetei, melyek egybevágnak az egyházpolitika problémakörével. Ezen belül a legjelentősebb kérdés az állami anyakönyvezés és házasságkötés ügye volt, Magyarországon ugyanis ekkoriban még mindig az egyház anyakönyvezte a születéseket (kereszteléseket), házasságkötéseket és halálozásokat. Ezeknek a nyilvántartása egy modern állam alapvető feladata lenne, amely eleve szükségessé tenné az állami anyakönyvvezetés bevezetését, de leginkább a házasságkötések ügyét kellett megoldani, amely a reformokat övező viták kiindulópontjává is vált. A különböző felekezetek, sőt olykor a különböző lelkészek és papok ugyanis másként kezelték az ekkoriban már terjedő, de még mindig ritkának mondható válásokat. A liberális politikusok a megoldást az állam és az egyház szétválasztásában látták, amelynek következtében államilag érvényes házasság csak állami tisztviselő előtt köthető, így a válást is az állam tudja szabályozni. Ezt a francia mintát ekkoriban már több európai országban is alkalmazták, így például Belgiumban, Romániában, Olaszországban, Svájcban vagy Németországban.
Az említetteken túl a reformok további kérdéseket is orvosolni kívántak. Ilyen a vegyes házasságból született gyermekek vallása, amely többször konfliktusokhoz vezetett; az izraelita felekezet egyenjogúsítása, amely már a reformkor óta húzódott; valamint a szabad vallásgyakorlás és a felekezeten kívüliség – ez utóbbi értelemszerűen az állami anyakönyvezés miatt is fontos. Ez utóbbiak az új korszellemnek, a modern, megváltozott világnak a jelei voltak, amelyek sürgős és radikális megoldást kívántak.
A reformok keresztülvitele ugyanakkor részben társadalmi, részben uralkodói, részben egyházi ellenállás miatt akadozott. A katolikus egyházi házasság ugyanis szentség, így az állami házasságkötés bevezetésében a klérus a házasság elleni támadást látta. A magyar egyházi vezetésen túl a Vatikán, maga XIII. Leó pápa is tiltakozott a reformok ellen. Mindazonáltal nem csak az egyház állt ellen: mint látható volt, már Szapáry is kisebbségbe került saját kormányán belül, Wekerle miniszterelnöksége alatt pedig több parlamenti képviselő is kilépett a Szabadelvű Pártból.
A legjelentősebb akadály ugyanakkor maga Ferenc József volt. Az általa Wekerle kinevezése előtt jóváhagyott kormányprogramban szerepeltek ugyan az egyházpolitikai reformok, a mélyen vallásos katolikus uralkodó valójában nem támogatta ezeket, a törvények előszentesítése is hónapokig tartott (az előszentesítési jog azt jelentette, hogy a királynak jóvá kellett hagynia egy törvényjavaslatot az országgyűlés elé terjesztése előtt). A törvényeket végül 1894-ben fogadták el, azonban ez is nehezen zajlott le, hiszen a képviselőház által jóváhagyott javaslat májusban a Főrendiházban elbukott. A király ismét akadályozta a reformokat, ugyanis vonakodott új főrendeket kinevezni az ismételt szavazás előtt.
1894 első felét egyébként különösen is felfokozott hangulat jellemezte, mivel márciusban meghalt Kossuth Lajos (Torinóban), és egyértelmű társadalmi igény merült fel holttestének hazaszállítására, hazai földben történő eltemetésére. Az állami temetést Ferenc József nem engedélyezte, továbbá tiltotta, hogy a kormánytagok részt vegyenek a temetésen. Wekerle igyekezett egyensúlyozni az uralkodói akarat és a társadalmi elvárás közt. Kossuthot végül Budapest főváros temette el, de titokban a kormány is támogatta anyagilag a szertartást. A kormánytagok távolmaradását ugyanakkor a közvélemény továbbra sem tudta elfogadni. Kossuth egyébként az egyházpolitikai reformok támogatója volt, így előfordult, hogy egy-egy katolikus templom nem harangozott a halála miatt. Az év folyamán Kossuth Ferenc, az egykori kormányzó fia is hazatért, és – mint elvhű liberális – támogatásáról biztosította a miniszterelnököt, ami az uralkodó előtt tovább nehezítette a miniszterelnök helyzetét.
Az egyházpolitikai reformokat végül kompromisszummal sikerült rendezni. Ferenc József jóváhagyta a javaslatokat, cserébe azok elfogadása után Wekerle lemondott. Ennek ellenére az uralkodó még így is majdnem egy hónappal azután szentesítette a törvényeket, hogy azokat a Főrendiház megszavazta. A reformok így csak 1894 őszén léptek érvénybe, míg Wekerle Sándor kormánya 1895 januárjáig maradt hivatalban.
Az állami anyakönyvezést az új törvények értelmében 1895. október 1-jén vezették be Magyarországon, és bár összességében nem talált jelentős ellenállásra, olykor megesett, hogy a házasulandók megtagadták az anyakönyv aláírását. Az egyházpolitikai reformok lehetővé tették, hogy a modern magyar állam ellássa alapvető feladatait, mindemellett pedig az is növeli jelentőségüket, hogy valójában új politikai irányvonalakat jelöltek ki. A reformokat ugyanis mind a kiegyezést ellenző Kossuth, mind a Szabadelvű Párt elitjének jelentős része (Wekerle Sándor, Szapáry Gyula stb.) támogatta, vagyis nem a közjogi kérdés jelentette a törésvonalat (sokak éppen Bécs ellenállása miatt váltak támogatókká, ez a szélesebb közvéleményre is hatással volt). A reformok hatására indult el a vallási alapú politizálás, amely a Horthy-korszakban érte el igazi csúcspontját. Az 1896-os választáson már a viták hatására létrejött Katolikus Néppárt is elindult, amelynek szellemi atyja Prohászka Ottokár későbbi székesfehérvári püspök, a magyar keresztényszocializmus legismertebb alakja. Egyébként a katolikus politizálás megjelenése vagy inkább megújulása éppen az évtized elején történt meg XIII. Leó 1891-ben kiadott, Rerum novarum című enciklikájával, de míg a pápaságot az Európa legtöbb országában tapasztalt szociális kérdés és a vele megjelenő munkásmozgalmak vitték rá a változásokra, addig Magyarországon – ahol a munkásság aránya kevésbé jelentős – az egyházpolitikai folyamatok. Több nyugati országban különben már korábban is voltak képviselői a katolikus alapú szociális gondolkodásnak, így a pápai dokumentum (emiatt is) megkésett.
Wekerle Sándor lemondása után eleinte háttérbe vonult (képviselői mandátumát 1896-ig megtartotta), de élete során további két alkalommal is betöltötte a kormányfői posztot: 1906 és 1910 közt, illetve 1917-18 folyamán. Későbbi miniszterelnökségeit már jóval kevésbé jellemezte a liberalizmus, főként a körülmények, nem pedig az elvei megváltozása miatt.