A járványügyi intézkedések nemcsak az állampolgárok egészségére gyakoroltak hatást, hanem az államszervezet intézményeinek egymással való kapcsolatát is alapvetően befolyásolták. Az olasz régiók és a központi kormány között gyakoriak történtek összecsapások a bevezetett intézkedések miatt, egyesek azokban már-már a régiók autonómiájának elpusztítását vélték fölfedezni. A kialakult társadalmi és gazdasági válság egyik kiváltó oka az volt, hogy az egyes szereplők nem tartották tiszteletben az alkotmányban rögzített tisztességes együttműködés elvét.
Az alkotmány 77. Cikke biztosítja a kormány számára, hogy szükséges és sürgős esetekben törvényerejű rendeletekben vezessen be ideiglenes rendelkezéseket. Ezek a törvényerejű rendeletek azonban ab initio semmissé válnak abban az esetben, ha a parlament a kihirdetésüktől számított hatvan napon belül nem fogadja el azokat törvény formájában is. Ez a szabályozási rend megteremti a kormány számára azt a lehetőséget, hogy a vészhelyzetnek megfelelő rugalmassággal tudjon a járvány adta kihívásokra reagálni, ugyanakkor biztosítja, hogy a parlament hatáskörei ne kerüljenek teljes mértékben át a végrehajtó hatalom kezébe. A valóságban azonban korántsem volt ilyen világos a helyzet.
A járvány olaszországi megjelenésével a kormány a polgári védelemről szóló 2018. évi 1. törvényerejű rendelet alapján magához vonta a kezdeményezést. Ez a jogszabály feljogosítja a kormányt arra, hogy a jogrendszer általános alapelvei és az Európai Uniós szabályok keretein belül bármilyen szükséges intézkedést meghozzon. A jogszabály azonban nem tartalmaz az alapjogok korlátozására szóló kifejezett felhatalmazást. Ezen okból kihirdetésre került a 2020. évi 6. törvényerejű rendelet, ami lehetővé tette, hogy az illetékes hatóságok bármilyen megfelelő korlátozó intézkedést bevezessenek. Kezdetben csupán a legsúlyosabban sújtott, észak-olaszországi területekre vezetettek be komoly lezárásokat, két nappal később, azonban az az állam egész területére kiterjesztésre került. A kormány ezen lépése már a régiók ellenállásba ütközött. Míg a járvány súlyossága a különböző régiókban jelentős eltéréseket mutatott, addig a lezárások az ország egész területén azonos mértékben kerültek bevezetésre. Ez sértette a szükségesség és az arányosság elvét, lévén, hogy a lezárások emberi jogokat korlátoztak.
A kormány és a régiók kapcsolatát tovább rontotta a járványkezelési hatáskörök körül kialakult bizonytalanság. Nem volt egyértelmű, hogy a miniszterelnöki rendeletek jogszerűen vezették-e be a korlátozásokat. Az olasz alkotmány 117. Cikke ugyanis különbséget tesz a kizárólagos állami törvényhozói, valamint az állam és a régiók között megosztott párhuzamos hatáskörök között. A párhuzamos hatáskörök területén alapvetően a régiók jogosultak jogalkotásra, kivéve az alapvető elvek meghatározását, ami az állami törvényhozó feladatkörét képezi. A reziduális hatáskörök gyakorlására pedig a régiók jogosultak. A járványkezeléssel kapcsolatban kialakult hatásköri viták oka abban rejlett hogy nem volt elég világos, hogy a járványügyi intézkedések bevezetése kizárólagos vagy párhuzamos hatáskörbe esik-e. Bár az alkotmány 117. Cikke párhuzamos hatáskörbe sorolja az egészségvédelmet, azonban a nemzetközi megelőző intézkedések kizárólagos hatáskörbe tartoznak. Míg az állam jogosult az oktatást érintő általános rendelkezések meghatározására, addig maga az oktatás már párhuzamos hatáskör.
Ez a bizonytalan szabályozási helyzet, valamint a régiók ádáz harca autonómiájuk védelme érdekében oda vezetett, hogy már a járvány első hónapjaiban több száz állami, regionális és helyi szintű intézkedést vezettek be, amelyek tartalma egymással gyakran volt összeegyeztethetetlen. A jogbiztonság súlyosan sérült, ami konkrétan kihatott az állampolgárok mindennapi tevékenységeire is. Campaniában például kérdéseket vetett föl, hogy szabad-e szabadtéren egyéni sporttevékenységet végezni. A régió elnöke rendeletében ugyanis ezt megtiltotta, azonban a hatályban lévő miniszterelnöki rendelet értelmében ezt a tevékenységet engedélyezték. Hasonló probléma merült fel a könyveléssel mint tevékenységgel kapcsolatban. A könyvelők nem tudták, hogy folytathatják-e jelenléti munkájukat, mivel azt régiós rendelet egy miniszterelnöki rendelettel ellentétes módon tiltotta. A jogbizonytalan helyzetet súlyosbította, hogy a különböző szintű jogszabályok között felmerült ellentéteket a közigazgatási bíróságok gyakran ellenkező módon oldották meg. Egy járványügyi rendelkezés körül kialakult hatásköri vita eljutott az olasz alkotmánybíróság elé is, amely végül kimondta, hogy az állam, és nem pedig a régiók jogosultak a járványügyi intézkedések meghatározására. Az alkotmánybíróság döntése előtt azonban több, mint egy hónapig volt hatályban egy, az állampolgárok életét és egészségét alkotmányellenesen veszélyeztető regionális törvény.
A tisztességes együttműködés hiánya Olaszországban a járványhelyzet során nem csupán a régiók és a kormány kapcsolatában, de a törvényhozó és a végrehajtó hatalom között, valamint a kormányzó koalíción belül is súlyos problémákhoz vezetett. A világjárvány nagyítóval mutatott rá az állam működésének, főképp pedig a különböző szintű kormányzatok közötti kapcsolatok hiányosságaira. Bár, mint feljebb említésre került, a hibákat nem csak az egyes szereplők magatartása okozta, hanem azok súlyosodásához jogszabályi hiányosságok is hozzájárultak, azonban a legfőbb probléma mégis az együttműködés hiánya volt. Az olasz példa mindenki számára megfontolandó lehet annak érdekében, hogy akár a mindennapokban, akár egy állam igazgatása során, az egymásra való kölcsönös odafigyelés által a fölösleges és rendkívül veszélyes késedelmek a válsághelyzetek kezelése során elkerülhetők legyenek.
