Az önállóság gondolata már a Szovjetunió idején, 1989-ben megfogalmazódott a gagauzok részéről, amikor Moldova hivatalos nyelve a román lett. 1990-ben kikiáltották a Gagauz Köztársaságot, amit azonban Kisinyov nem ismert el, sőt nem is akartak tárgyalni Gagauzia önállóságáról. Egészen 1994-ig kellett várni az integrációra, ami békésen ment végbe, ugyanis közben Transznyisztriával véres háborút vívott, ami végül független lett. Valószínűleg tanulván ebből az esetből, a moldáv parlament törvényben ismerte el Gagauzia autonómiáját. Önálló törvényhozó és végrehajtó szerve lett, élén a kormányzóval, a baskánnal. Négyévente választják a 35 tagú parlamentet, a Népi Gyűlést, és a kormányzót is választják, aki legfeljebb kétszer töltheti be mandátumát, és a mindenkori moldovai kormány tagja is egyben. Saját pénzük, hadseregük, rendőrségük nincsen. Három hivatalos nyelve is van a területnek; a gagauz, a moldáv vagy román, illetve az orosz.
EU-Oroszország tengely megbonyolítva Romániával
A következő húsz év viszonylag békésen telt, betartották a Moldáv Köztársaság törvényeit, alkotmányát, alapvetően csak kulturális és gazdasági téren érvényesül az autonómia. 2014. február 2-án azonban népszavazást tartottak, miután felerősödtek az azt megelőző években a Romániával való egyesülés gondolatai mind román, mind moldáv részről.Traian Basescu, illetve az akkori moldáv államfő, Nicolae Timofti is ekként nyilatkozott. A referendum kiírásáról 2013. novemberében döntött a Népi Gyűlés, és a polgároknak arról kellett nyilatkozni, hogy az Oroszország érdekszférájához tartozó Vámuniót vagy az Európai Uniót támogatják, illetve Gagauzia jogállása is kérdés volt. A megjelentek túlnyomó többsége az orosz-fehérorosz-kazah vámuniót támogatta, és ellenezte az EU felé való közeledést, illetve támogatta azt, hogy Gagauzia kinyilváníthassa önrendelkezési jogát abban az esetben, ha Moldova elvesztené szuverenitását.
A gagauzok alapvetően attól félnek a Romániához való csatlakozást illetően, hogy elvesztik autonómiájukat. Több okuk van ezt gondolni, ugyanis látják, hogy az erősebb magyarsággal is hogyan bánik Románia. Mihail Formuzal, Gagauzia korábbi kormányzója ezt nyíltan meg is fogalmazta: „Nekünk jó memóriánk van, emlékszünk az 1918-as eseményekre. Nem szeretnénk, hogy egy szép napon a gagauz autonómia is eltűnjön, miként eltűnt a romániai magyarok autonómiája”. Alappal gondolkodhatnak így, hiszen a csatlakozás esetén erősen felmerülhetne Székelyföld autonómiájának kérdése is, látván egy már jól bevált példát az autonómiára a gagauzok esetében, de Románia ahelyett, hogy ebbe az irányba mozdulna, inkább az ő autonómiájukat is megszüntetné. A gagauzok azért ellenzik az EU felé közeledést is, mert burkoltan Romániához csatlakozást látnak benne, és így sokkal inkább oroszbarátok. Azon túl, hogy jobban beszélik az oroszt, -ami egyébként a régióban a lingua franca- politikai és gazdasági kapcsolatok is fűzik Oroszországhoz. Az utóbbi hónapokban, az orosz-ukrán háború kitörése óta pedig a román média egy része megpróbálja az oroszpárti bélyeggel is lejáratni a gagauz autonóm területet, mondván, hogy az Moszkva előretolt hadállása, és egy idegen test a moldáv államban.
Bizonytalan politikai helyzet
Moldova és az Európai Unió 2013. november 29-én parafálta a Társulási Megállapodást, és 2022. június 23-án pedig Uniós tagjelölt lett Ukrajnával egyetemben. Az orosz politikai nyomás 2020 novembere óta igen jelentős, amikor is a nyugatbarát Maia Sandu nyert az elnökválasztáson az oroszbarát Igor Dodonnal szemben, és az ország belpolitikai helyzete különösen feszült azóta. Megosztott a társadalom a Nyugat-Kelet kérdésben; a román anyanyelvű lakosság inkább nyugati orientációjú pártokra szavaz, míg az orosz anyanyelvűek (mint pl. a gagauzok jó része) Oroszországhoz közelednének szívesebben. A háború tovább súlyosbította az eleve szegény ország helyzetét, az energiaárak az egekben vannak, az infláció is magas, sőt gyakoriak az áramkimaradások is. A válság hatására 2023. februárjában le is mondotta kormány, az új miniszterelnök személyét azonban rögtön meg is nevezték, így gyors kormányváltásról van szó. Közben Maia Sandu elnök február közepén úgy nyilatkozott, hogy Oroszország puccsot készít elő, hogy megakadályozza Moldova uniós csatlakozását. Zelenszkij és más nyugati politikusok is aggodalmuknak adtak hangot, azonban Oroszország mindent tagad. A Dnyeszter Menti Köztársaság kérdése is tovább feszíti a helyzetet, különösen annak fényében, hogy Putyin orosz elnök nemrégiben visszavont egy 2012-es rendeletet, amely elismerte Moldova szuverenitását a Dnyeszteren Túli Terület jövőjének rendezésében. A hivatkozási alap az volt, hogy a moldáv vezetés oroszellenes hisztériát kelt a lakosság körében.
Nagy talány, hogy mi vár Moldovára az elkövetkezendő időszakban. Sok tényezőből áll ugyanis a kérdés; miként reagál Oroszország az ország Nyugat felé közeledésére, a nyugati segítség mértéke, a társadalom hogyan reagál a válságra, Transznisztria, a gagauzok, illetve a Romániahoz való csatlakozás kérdése.
