A pszichológia és teológia két külön világból tekint rá az emberre; a két világ olyan mértékben elválik egymástól, hogy néha bár ugyanazokat a szavakat használják, de mást értenek alatta. A teológiai gondolkodásban a lélek a személy egészét jelenti: lényegéhez, létéhez tartozó vonás, az ember szellemi mivolta. Ezzel szemben a pszichológia, a lélektan ennél sokkal szűkebben határozza meg a lélek jelentését: ez a tudat, a viselkedés, a megélés. A különbség oka, hogy a pszichológia szigorúan a természettudományok közé sorolja magát, éppen ezért csak azzal foglalkozik, amely tudományos módszerekkel megfigyelhető, mérhető, amely alkalmas tudományos feldolgozásra. Emiatt az alapvető különbség miatt a modern pszichológiának több olyan ága is van, amely nem alkalmas a teológiával való párbeszédre; főként a klinikai pszichológia, a pszichoterápia lép kapcsolatba a gyakorlati teológiával.

Ez a kapcsolat határok közé van szorítva: a pszichológia mint empirikus tudomány, nem operálhat semmiféle metafizikai alapvetéssel. Ez azt jelenti, hogy a teológia elképzelési Istenről, az emberi lélekről és az örök életről önmagukban nem értelmezhetőek pszichológiai szempontból, és ezekre a kérdésekre a pszichológia nem is tud reagálni. Pszichológiai kutatások vizsgálhatnak például Istenben hívő és ateista emberek félelemérzékelése és jólléte közötti különbséget, de soha nem adhatnak választ arra a kérdésre, hogy vajon létezik-e Isten. A pszichológia semmit nem mondhat a hit azon feltételeiről, amelyek Isten oldalán vannak, hiszen azok nem vizsgálhatóak.

Ezt a jelenséget módszertani ateizmusnak hívjuk, ami ugyan nem akadályozza teológia és pszichológia együttműködését, de mindenképpen korlátok közé szorítja.

Sajnos, előfordul az is, hogy a pszichológia maga lépi át saját határát, és egyes jelenségeket általános érvényűnek tekint, és metafizikai jelentőséggel ruház fel. A pszichoanalízis atyja, Sigmund Freud állította: a pszichoanalízis át fogja venni a vallás szerepét (ld. Mózes, az ember és az egyistenhit c. könyve). Ma számos, úgy nevezett „New Age pszichológiai” áltudományos formákkal találkozhatunk, amelyek magukat metafizikai szintre emelik, a transzperszonális pszichológiától kezdve az asztrológiáig. Ezekben az a közös, hogy a tényszerű ismereteket elhanyagolva vagy háttérbe szorítva állítják, hogy feltárják az emberlét lényegét, és kulcsot adnak az igaz boldogság eléréséhez. Lényegében önmegváltást hirdetnek, és így egy univerzalisztikus látszatvallássá válnak. 

Az emberi lét alapvető kérdéseire egy tudományos vizsgálódáson alapuló, empirikus tudomány csak korlátozottan tud választ adni. A pszichológia célja a gyógyítás, de ebben meg kell küzdenie a maga határaival: legelsőként az élet végességének a tényével. Az élet vége és a gyógyíthatatlanság az élet ténye, amely korlátot szab a pszichológia eredményeinek. Főként a személyközpontú pszichológia veszélye, hogy az embert folyamatos fejlődésben szemlélje, ahol az ideál az, amikor eléri minden potenciáljának aktualizálását – kiteljesíti önmagát. Ez az idealizált emberkép szintén nem a valóság termékei közé tartozik, így óvatosan kell bánni „az ideál” kísértéseivel; ráadásul ez a tendencia nagyon könnyen átválthat istenkomplexussá, amelynél a cél felülmúlni emberi mivoltunkat.

A pszichológiától nem várható el, hogy mindenre választ adjon, és begyógyítson minden sebet – ezekkel a határokkal tisztában kell lenni, és akkor nagyon hasznos párbeszédet folytathat a teológiával. A teológia szempontjából a párbeszéd célja, hogy egy olyan kompetenciát fejlesszen ki, amely képes arra, hogy felismerje Isten nyomát a pszichológia által reflektált és elétárt teremtett világban. A klinikai pszichológia és a gyakorlati teológia megtalálja közös érdeklődését a lelkileg szenvedő emberben, és segítő szándékkal kíván felé fordulni.

A klinikai pszichológiának több olyan ága van, amelyből a teológia építkezhet: ilyen a mélylélektan, a kommunikáció- és viselkedésterápia, a csoportdinamika, illetve a klinikai lelkigondozó. A mélylélektanhoz tartozó logoterápia segít a szenvedés értelmezésében (a korábbi, erről a témáról írt cikk itt található); a csoportdinamika egyik formáját, a pszichodrámát már több bibliai történet megjelenítéséhez használják (az egyik legelterjedtebb az ún. Márk-dráma), sőt külön létezik a bibliodráma megnevezés.

Természetesen a teológusok oldaláról és léteznek „határsértések” a pszichológia felé: a leggyakoribb talán az, amikor a pszichológia eredményeit és módszereit manipulálásra használják fel.

A pszichológia ilyen formájú kihasználása mélyen elítélendő, nem csak vallási berkeken belül, hanem általánosan.

A pszichológia hatalmas segítséget tud nyújtani a teológiának, hogy az „valósággá” váljon – a hit igazságai ne maradjanak szószékre való, üresen hangzó elméletek, hanem az emberek konkrét életére, helyzetére le lehessen fordítani. Ezt az átfordítást nevezzük elementáris teológiának. Ebben a munkában a pszichológia fontos és hasznos eszközökkel rendelkezik. Isten működésének a tere a való élet: itt kell megjelennie a keresztyén hitnek és igazságnak, és a pszichológia eszközeivel felfegyverkezve tudja az embert a krízisből Istenhez vezetni.